⇨ 上部消化管内視鏡検査（GIF） 治療｜ ⇨ 胆・膵内視鏡検査（ERCP） 治療｜
⇨ 超音波内視鏡検査（EUS） 治療｜ ⇨ 下部消化管内視鏡検査（CF） 治療｜
⇨ 腹部超音波検査 治療｜ ⇨ 腹部血管造影検査 治療｜ ⇨ 薬物治療
ハイビジョンカメラを用いた通常光観察、画像強調観察、拡大観察、色素散布などを駆使して食道癌や胃癌を早期にみつけます。早い段階でみつかれば内視鏡手術（ESD:内視鏡的粘膜下層剥離術）のみで治癒が得られ、臓器機能を温存できる可能性が高まります。手術のできない進行癌に対しては食物の通過障害の解消のために内視鏡を用いてステント留置術を行うこともあります。
がんの診断・治療以外では
食道では逆流性食道炎の診断、食道静脈瘤の診断・治療（EIS:内視鏡的食道静脈瘤硬化療法・EVL:内視鏡的食道静脈瘤結紮術）、食道狭窄の拡張術を行っています。
胃・十二指腸では胃十二指腸潰瘍の診断と治療、委縮性胃炎の有無・ピロリ菌感染の有無を判定しピロリ菌の除菌をします。
また吐血例では緊急内視鏡検査を行い出血部位を診断し内視鏡的止血術を行います。
胆管癌や胆嚢癌、膵癌の診断治療、胆管結石・膵石の排石、胆嚢炎・胆管炎治療のための感染胆汁の排出や閉塞性黄疸改善のためのステント留置術（ERBD：内視鏡的逆行性胆管ドレナージ）などを十二指腸内視鏡を用いて行います。時に直接細い内視鏡を胆管内に挿入して検査・治療を行うこともあります。
内視鏡先端から超音波で病変をとらえ、がんの進行度を判断したり、腫瘍の組織学的診断を得るために内視鏡の先端から超音波でのモニターのもと、腫瘍に針をさして腫瘍の一部をとり診断することもあります（EUS-FNA）。治療としては膿や胆汁の排液、がんの痛みに対する腹腔神経節ブロックのために行うこともあります。
ハイビジョンカメラを用いた通常光観察、画像強調観察、拡大観察、色素散布などを駆使して大腸癌を早期にみつけます。早い段階でみつかれば内視鏡手術（EMR：内視鏡的粘膜切除術、ESD:内視鏡的粘膜下層剥離術）のみで治癒が得られ、臓器機能を温存できる可能性が高まります。進行癌で腸閉塞をきたした場合は内視鏡を用いて癌による狭窄部位にステントを留置し狭窄を解除するような処置も行います。 がんの診断、治療以外では潰瘍性大腸炎やクローン病といった炎症性腸疾患の診断や治療効果の判断、便秘や下血の原因の診断や治療などを行います。
腹部のあらゆる病変を超音波診断装置を用いて調べる検査です。患者さんの苦痛はなく、レントゲンやCTのように被ばくの心配もありません。超音波検査用の造影剤を使用してより精度の高い診断をしたり、超音波を用いて腹部の腫瘍や異常のある臓器に細い針を刺して組織を採取したり（生検）、お腹などにたまった水を抜いたりすることもあります。治療としては胆嚢炎や閉塞性黄疸の治療（経皮経肝胆嚢ドレナージ、経皮経肝胆道ドレナージ）、肝臓などに溜まった膿の治療、肝臓の腫瘍の焼灼（ラジオ波焼灼術）などにも使用します。
手や足の動脈からカテーテルを目的とする臓器の血管まで挿入し、造影剤を注入しながら血管像を撮影します。同時にCTも撮影することができ臓器や病変の血流動態が詳細に把握でき診断や治療に大変有用です。消化器科では主に肝臓癌の診断と治療（肝動脈塞栓術）に用いていますが、バルーンカテーテルやビーズを用いた新しい塞栓剤の導入を行い、より効果的で合併症の少ない治療を行っています。また止血困難な臓器出血に対し出血している血管を同定し医療用コイルを血管内に挿入し止血を行う（コイル塞栓術）こともあります。また胃静脈瘤の治療として、腎静脈にバルーンカテーテルを挿入して静脈瘤の排出路を遮断し硬化剤を注入して静脈瘤を消失させる（BRTO：バルーン閉塞下逆行性経静脈的塞栓術）治療も行っています。 手術のできない進行癌に対しては、最新のエビデンス（科学的根拠）に基づいた化学療法（抗がん剤による治療）や放射線治療を行っています。またがんに伴う苦痛症状が取れるよう積極的な緩和ケアも行っています。